Adunarea Generală reprezintă organul suprem de conducere al organizației, având rol decizional major în stabilirea direcțiilor strategice, aprobarea hotărârilor importante și alegerea structurilor executive. Aceasta reunește membrii organizației și are autoritatea de a valida sau modifica deciziile luate de celelalte organe de conducere.

Consiliul Director constituie structura executivă de conducere, responsabilă de implementarea deciziilor și coordonarea activității curente a organizației. Acesta este format dintr-un președinte, patru vicepreședinți și un secretar, aleși de Adunarea Generală pentru un mandat de 5 ani. Din Consiliul Director pot face parte, în anumite condiții, și reprezentanți ai filialelor sau ai organizațiilor partenere, în calitate de vicepreședinți. Activitatea Consiliului Director se desfășoară în cadrul unor ședințe ordinare sau extraordinare, iar deciziile sunt adoptate prin vot majoritar, în condiții de cvorum.

Conducerea executivă este asigurată de un Director Executiv, Dr. ing. Gabriel Mărcuș fiind numit de Consiliul Director pentru mandatul 2022-2027, care gestionează activitatea operațională și administrativă a organizației. Acesta este sprijinit de funcții administrative, precum contabilul, iar atribuțiile sale sunt stabilite prin regulamentul intern de organizare și funcționare.

Comisia de Cenzori reprezintă structura de control intern, având rolul de a verifica activitatea financiară și de a asigura transparența și respectarea reglementărilor în cadrul organizației.

În ceea ce privește conducerea efectivă, aceasta este exercitată de membrii Consiliului Director, în frunte cu președintele organizației și vicepreședinții, care coordonează domeniile principale de activitate și relațiile instituționale ale OAER.

Pe lângă aceste structuri interne, OAER colaborează cu o rețea extinsă de parteneri instituționali și profesionali (universități, asociații de profil, organizații din domeniul construcțiilor și eficienței energetice), ceea ce contribuie la extinderea capacității organizației de a implementa proiecte, programe de formare și inițiative în domeniul performanței energetice a clădirilor.